«Qué» con tilde y «que» sin tilde

No tildemos «que» por el mero hecho de ir entre exclamaciones o interrogaciones. El primero es tónico y se pronuncia con fuerza. El segundo es átono y, en la cadena hablada, se pronuncia ligado al verbo.
Hagan la prueba: lean la viñeta en voz alta y notarán la diferencia. La gramática ayuda mucho, pero tener buen oído también facilita un montón las cosas.
Si todavía no se aclaran, les recomiendo esta otra viñeta sobre el tema y este enlace de Blog de Lengua